JavaScript использует миллисекунды в качестве метки времени, тогда как PHP использует секунды. В результате вы получаете очень разные даты, так как они отклоняются в 1000 раз.
Итак, удалите три нуля на стороне PHP:
echo date('Y-m-d H:i:s', 1313690400);