Я бы сказал, что rsync был бы неплохим способом сделать это: вы можете создать резервную копию всего каталога или использовать параметр "--files-from =", чтобы указать файл, содержащий список того, что вы хотите для резервного копирования, также известный как каталог htdocs и файлы конфигурации.
Вы можете взглянуть на примерную страницу rsync , которая охватывает как локальные, так и удаленные резервные копии.