Проблема в том, что запуск сервера не означает запуск приложения, если для размещения приложения используется более одного сервера.
Если вы всегда запускаете и останавливаете оба сервера одновременно, просто настройте только один из них (через параметр config в файле web.xml или системное свойство) для выполнения синхронизации.
Если бы каждый сервер можно было запускать и останавливать независимо, то я бы ничего не делал при запуске, а скорее реализовывал его как административный сценарий использования приложения и вызывал его по требованию извне.