Похоже, что файлы были зафиксированы и отправлены в хранилище на github с момента вашего последнего обновления.
выполнение git pull
сведет эти изменения и объединит их с вашими изменениями.Затем вы можете проверить все и убедиться, что он все еще работает, а затем выполнить push.
Он не должен перезаписывать изменения, которые вы внесли и пытаетесь зафиксировать.