Я внес некоторые изменения и удалил лишний код.Вот ваш измененный .htaccess:
Options +FollowSymLinks -MultiViews
# Turn mod_rewrite on
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^www\. [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http://www.%{HTTP_HOST}/$1 [R=301,L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ index.php?$1 [L,QSA]
RewriteCond %{THE_REQUEST} ^[A-Z]{3,}\s(.*)/index\.php [NC]
RewriteRule ^ /%1 [R=301,L]
Также убедитесь, что ваши файлы css, js, images всегда используют абсолютный путь вместо относительного, т.е. путь к js, css, изображения должны начинаться с http://
или/
.