Ваша проблема в том, что вы используете код ASCII номер девять, а не девять, как целое число.
char c = input.charAt(0);
после этого вы выполняете Math.Sqrt (c), теперь символ приводится к int.
поэтому Math.Sqrt получает 57 в качестве параметра.
Для правильной работы вы должны разобрать персонажа в Integer, как ответил Бала Р.