Вместо того, чтобы использовать строго типизированные классы конфигурации, почему бы не внести изменения непосредственно в XML?
Вот сокращенный фрагмент, демонстрирующий из моего кода концепцию производительности IIS-настройки в machine.config. Принципал такой же для других файлов конфигурации XML, хотя. Вам просто нужно создать соответствующие операторы XPath, чтобы делать то, что вам нужно.
XmlDocument machineConfigFile = new XmlDocument();
machineConfigFile.Load(MachineConfigPathString);
XmlNode autoConfig = machineConfigFile.SelectSingleNode(@"/configuration/system.web/processModel/@autoConfig");
autoConfig.Value = "false";
machineConfigFile.Save(MachineConfigPathString);
При сохранении объект XmlDocument сохранит все остальные нетронутые узлы документа. Очень кстати. Это прекрасно работает для изменения machine.config. Единственная возможная проблема, которую я вижу, это то, что ваше приложение, вероятно, будет сброшено при сохранении изменений в файле web.config. Поэтому протестируйте его в безопасной среде с резервной копией файла web.config на тот случай, если сброс приведет к нежелательным последствиям!