Почему бы не проверить? Достаточно просто использовать класс StopWatch для сравнения, включая строки различной длины и различные параметры сравнения.
Я бы не ожидал существенной разницы в ядре, поскольку IsPrefix по существу:
public bool IsPrefix(string comp, string prefix) {
return Compare(comp, 0, prefix.Length, prefix, 0, prefix.Length);
}
Однако может существовать разница между оператором String == и классом CompareInfo из-за примененного уровня I18N.
В конце вам нужно будет измерить, но я ожидаю, что в 99% случаев любая разница не имеет существенного значения для общей производительности приложения.