В зависимости от особенностей вашего проекта, один из возможных вариантов - не загружать файл * .nocache.js на страницу хоста до тех пор, пока не загрузится ваш апплет.
Как только ваш апплет загрузится, вставьте ваш тег в HTML, и (я думаю) он сработает.
В качестве альтернативы вы можете отредактировать файл nocache.js, чтобы не начинать загрузку проекта gwt при загрузке, вместо этого сделайте это после загрузки апплета, но это может превратиться в проблемы с обслуживанием, если вы не будете осторожны.