Если у вас есть каталоги для каждого модуля и вы можете поместить их в один модуль, то самое простое решение - использовать пакеты, например
myproject
__init__.py
mymodule1
__init__.py
mymodule2
__init__.py
так что вы можете импортировать как
from myproject import mymodule1 etc
если вы не можете хранить все каталоги в одном дереве, а не обрабатывать их как отдельные проекты / библиотеки, в этом случае вы должны установить их для исправления пути к Python, используя distutils и т. Д., Прочитайте this