Просто обновите таблицу напрямую без подзапроса
UPDATE nilai_mhs c
JOIN tbl_mhs d USING(nim)
JOIN master_mk e USING(id_kode_mk)
JOIN tbl_mk_pertahun f USING(id_kode_mk)
SET c.status_nilai = 3
WHERE c.nim = '20081001010125'
AND c.status_nilai = 2
AND sem_ganjil_genap = 'ganjil'
Если вам нужно выполнить подзапрос (например, вы собираете результаты), вам нужно вместо этого присоединиться к подзапросу:
UPDATE nilai_mhs t JOIN (
SELECT e.id_kode_mk
FROM nilai_mhs c, tbl_mhs d,master_mk e,tbl_mk_pertahun f
WHERE c.nim = d.nim AND c.id_kode_mk = e.id_kode_mk AND e.id_kode_mk = f.id_kode_mk AND c.nim = '20081001010125' AND c.status_nilai =2 AND sem_ganjil_genap = 'ganjil'
) q ON t.id_kode_mk = q.id_kode_mk
SET t.status_nilai = 3