В настоящее время нет возможности предоставить пользовательский шаблон файла applicationhost.config.
В чем проблема при редактировании C:\Program Files (x86)\IIS Express\AppServer\applicationhost.config
и выполнении ваших настроек?
Если вы не хотите редактировать этот файл, вы можете сделать копию applicationhost.config в нужном месте и отредактировать информацию о сайте (путь и порт) и, наконец, использовать ключ командной строки '/ config' следующим образом
iisexpress /config:<full-path-to-custom-applicationhost.config>