Я бы порекомендовал использовать массив символов вместо массива строк - тогда, когда вы спрашиваете пользователя о вводе, и он вводит «1, 3» - вы можете просто объявить два целых и использовать их:
int x, y;
scanf("%i,%i", &x, &y);
board[x][y] = 'X';
// and when printing the board, use: cout << "["<<board[x][y]<<"]";
// - or better yet, use printf :)
// alternatively with cin:
int x, y;
cin >> x;
cin.ignore(1,',');
cin >> y;
board[x][y] = 'X';
Это сократит весь код "определите, какой квадрат выбран пользователем" :)