Если у вас есть только нули и единицы, вы можете написать
percentOnes = nnz(A(:,i))/length(A(:,i)) * 100
Если вы хотите выполнить расчет для нескольких столбцов одновременно, вы пишете
percentOnes = sum(A,1)/size(A,1) * 100
РЕДАКТИРОВАТЬ
Если у вас есть -1 и +1, и вы хотите знать, как часто (в процентах) вы получаете конкретное значение, скажем, 1, вы можете сначала преобразовать свою матрицу
A = yourMatrix == 1;
, так что A содержит только 0 и 1, и тогда вышеупомянутое будет работать.