Если ваш сценарий интерактивный, он не будет работать, поскольку Hudson требует неинтерактивных сценариев - в противном случае он просто зависнет (нет терминала).
Что вы можете сделать, это вместо того, чтобы спрашивать, продолжать ли, сделать ее зависимой от переменной, скажем, CHOICE, поэтому
...
if [[ "$CHOICE" == "yes" ]]
then
#do some work here
else
echo "Script ended."
fi
и поместите CHOICE в качестве параметра стиля выбора в Hudson. В следующий раз, когда вы начнете сборку, он спросит вас «да» или «нет». Вы также можете выбрать значение по умолчанию для автоматических сборок.