У меня была такая же проблема после переустановки console2 и ipython в Windows. Если вы используете средство запуска ipython.exe, это кажется проблемой, и оно просто закрывает все окно. Однако, если вы вместо этого запустите ipython с
python C:\python27\scripts\ipython-script.py
тогда он ловит и обрабатывает KeyboardInterrupt очень хорошо и оставляет меня в приглашении ipython. Ура.