Для баннеров iAd нужен viewcontroller. Кроме того, Apple заявляет, что viewcontroller должен управлять целым количеством экранов, пока мы не сможем написать наши собственные представления контейнера в ios5.
Я предлагаю вам ознакомиться с демонстрационным кодом iAd от Apple, в частности AdBannerNavigation.app.
Другим вариантом может быть использование платформы mobClix, с помощью которой вы можете добавить баннер iAd в контроллер навигации.
Я предполагаю, что вы планируете, когда нет объявлений для показа? так как иногда уровень заполнения может быть низким.
p.s. Вы пытались добавить и определить размер контроллера навигации перед добавлением баннера?