Используйте текстовое сканирование для загрузки и пропустите другие столбцы, используя звездочку.
fid = fopen('file.txt');
textscan(fid, '%*s%*s%s'); % loads only the third column
fclose(fid);
Предполагается, что в вашем файле ровно три столбца. Если у вас есть еще много столбцов, вам нужно:
fid = fopen('file.txt');
twocols = textscan(fid,'%*s%*s%s%*[^\n]');
fclose(fid);