Вам не нужно добавлять каждый файл вручную. Вместо этого вы можете использовать Парафин для сбора файлов, необходимых из вашего веб-проекта.
Я настроил его так, чтобы он автоматически запускался во время сборки (локально или на сервере), вручную изменив файл проекта Wix, добавив действие BeforeBuild. Вот пример, вы можете использовать это в качестве отправной точки.
<Target Name="BeforeBuild">
<!-- Set the WebClient.wxs file as not read-only -->
<Exec Command="attrib -R "$(ProjectDir)WebClient.wxs"" />
<!-- Run paraffin to generate the wix component for the web client. This assumes that web project has already been packaged.
This is automatically done on the build server by setting the property 'DeployOnBuild' to true. -->
<Exec Command="paraffin -update WebClient.wxs -dir ..\RM.Web\obj\$(Platform)\$(Configuration)\Package\PackageTmp\" />
<!-- Set the WebClient.wxs file back as read-only -->
<Exec Command="attrib +R "$(ProjectDir)WebClient.wxs"" />
</Target>