Просто создайте базу данных в вашем TestCase.setUp и удалите в TestCase.tearDown
Вам нужен mongodb, потому что нет mongolite3, как sqlite3 для sql
Я сомневаюсь, что django может создать временный файл для хранения базы данных mongodb. Вероятно, он просто использует sqlite: ///, который создает базу данных с памятью.