Я согласен с Марком, вы должны поместить файл в локальный репозиторий, а не в кеш. Тем более, что ожидается, что кеш может быть (и часто) удаляется в любое время.
Однако, чтобы ответить на ваш вопрос, наиболее вероятной причиной вашей ошибки является то, что иерархия папок не соответствует ожидаемому шаблону. По умолчанию кеш раскладывается следующим образом:
[organisation]/[module]/[revision]/[type]s/[artifact].[ext]
Таким образом, вам нужно переместить файл в следующий каталог, чтобы устранить эту ошибку:
.ivy2\cache\apache.org\lucene\3.0.3\jars\lucene.jar
Иногда шаблон по умолчанию изменяется на основе файлов настроек, поэтому единственный способ убедиться в ожидаемом шаблоне - это посмотреть на другие jar-файлы в вашем кэше (например, сейчас мой кэш имеет часть [revision] конец имени файла, в остальном все то же самое).
Однако, я согласен с Марком, хотя вы действительно не хотите вручную добавлять вещи в кеш. Вместо этого добавьте их в локальный репозиторий по умолчанию ИЛИ еще лучше, создайте свой собственный базовый репозиторий.