Как говорит Ischin, вам нужно не указывать "index.html" при связывании Javadoc.Инструмент Javadoc на самом деле не заботится об index.html, он просто хочет иметь возможность добавлять пакет и имя класса, чтобы получить URL для Javadoc конкретного класса.