Рабочее решение:
Создание файлов SSDL, CSDL, MSL и включение в проект в качестве встроенных ресурсов.
Создание EDMX путем объединения этих файлов и включения в проект для просмотра T4.
Изменить строку подключения EF в App.Config: добавить пространство имен по умолчанию сборки (+ '.') Перед именами файлов ресурсов.
Указать T4 на EDMX и преобразовать шаблоны.