Код, который вы разместили, выглядит хорошо, и если он работает для вас, отлично.Однако, если вы хотите, чтобы за один раз анимировался только один маркер, то было бы эффективнее и проще сохранить переменную последнего анимированного маркера.Например, в вашем событии клика или при добавлении маркера вы можете сделать что-то вроде этого:
previous_animation.setAnimation(null);
new_marker.setAnimation(google.maps.Animation.BOUNCE);
previous_animation = new_marker;