У меня было то, что звучит как та же проблема. Я создаю два разных приложения из одних и тех же файлов, только с двумя разными проектами XCode, но файлы InfoPlist.strings должны отличаться, поскольку они содержат название приложения. Я нашел простое решение - использовать две отдельные папки, внутри которых находятся ваши локализованные infoplist.strings. Например:
+Version_A
+en.lproj
InfoPlist.strings
+fr.lproj
InfoPlist.strings
+Version_B
+en.lproj
InfoPlist.strings
+fr.lproj
InfoPlist.strings
Затем в каждом проекте XCode вы просто указываете одно соответствующее местоположение (Version_A или Version_B), а не другое. Если вы тоже это сделаете, убедитесь, что в ресурсах Copy Bundle в разделе «Фазы сборки» выбрана правильная версия (оттуда вы можете нажать «Показать в Finder»).