Если я вас правильно понял, вы хотите что-то похожее на innerHTML в JavaScript. Есть решение для этого:
$xmlString = 'some <b>mixed</b> content';
$dom = new DOMDocument;
$fragment = $dom->createDocumentFragment();
$fragment->appendXML($xmlString);
$dom->appendChild($fragment);
// done
Подвести итог. Что вам нужно:
Хотя вы не спрашивали об этом, я расскажу вам, как получить строковое представление узла DOM, в отличие от всего документа DOM:
// for a DOMDocument you have
$dom->save($file);
$string = $dom->saveXML();
$dom->saveHTML();
$string = $dom->saveHTMLFile($file);
// For a DOMElement you have
$node = $dom->getElementById('some-id');
$string = $node->C14N();
$node->C14NFile($file);
Эти два метода в настоящее время не документированы.