Я думаю, что это плохая идея, потому что она странная и во многих отношениях уведет вас с поддерживаемого пути.
Сначала уточнение: при использовании подмодулей репо «мастер» (ссылка) не становится заметно больше. Он хранит только ссылку на хранилище (вероятно, URL) и идентификатор фиксации. Но это, кажется, не является камнем преткновения здесь.
При решении такой проблемы есть три основных пути, по которым вы можете пойти:
Поместите все в один репозиторий. Вы убедили себя 10 раз, что вам действительно нужно отделить вещи? Помните, что вы можете начать в одном репо и разбить вещи позже. Также помните, что git-слияния действительно работают, поэтому спор между разработчиками не так уж и важен.
Использовать внешнюю систему управления пакетами. Git НЕ и не претендует на роль менеджера пакетов. Скорее всего, у используемой вами платформы есть менеджер пакетов, который поддерживает более сложные ситуации зависимости. Maven, rubygems, npm, nuget ... их много.
Использовать подмодули «смонтированные» в подкаталогах.
По сути, подмодули должны быть вашим последним выбором при работе с вашим собственным кодом. Они отлично подходят для работы со сторонними библиотеками, но в конечном итоге становятся королевской болью для вашего собственного кода. Добавьте к этому сложное решение, которое вы предлагаете, и работать с ним будет не очень интересно.