Вы используете ассоциативный массив для параметров. Это означает, что вы используете именованные параметры. Именованные параметры не имеют порядка, у них есть имя. Порядок не важен.
Если вы хотите использовать неназванные параметры, вы можете сделать это, не используя ассоциативный массив, а просто используя числовые индексы, начиная с нуля:
$soapCli->__soapCall(
"getUserByCf", array('ok', 'notok')
)
Обратите внимание, что это чаще всего не работает, поскольку многие службы требуют именованных параметров.