Вы можете удалить содержимое каталога кеша, но не сам каталог. Папка кэша должна иметь специальные разрешения, чтобы пользователь и веб-сервер могли писать в нее. Таким образом, ваш источник контроля должен игнорировать все, что находится внутри папки кэша, но не саму папку кэша.