jQuery позволяет указать область поиска:
$('#embeddedDateField', window.frames['my-frame'].document).doStuff()
Я предлагаю присоединиться к событию onload фрейма, чтобы убедиться, что DOM готов:
$("#my-frame").ready(function () {
$('#embeddedDateField', window.frames['my-frame'].document).doStuff()
});