Из веб-приложения это, безусловно, невозможно. Это может быть возможно из приложения AIR, если попросить операционную систему обработать открытие файла и оставить все как есть. Windows и OS X должны быть в состоянии справиться с этим изящно.
Почему Adobe ограничивает такие действия от веб-приложений, имеет смысл. Для всех было бы явной возможностью создать обычный сайт с флеш-приложением, которое загружает и запускает вирус, и пользователь ничего о нем не знает.