Хотя вы не предоставили характер приложения. Я имею в виду то, что делает ваше приложение.
Что я получаю от вопроса, так как вы используете приложение HTA, что означает, что ваше приложение требует доступа на уровне системы. Теперь, поскольку Linux и Windows - совершенно разные платформы. Невозможно завершить перенос одного приложения с одной платформы на другую.
Если вы можете работать на уровне плагина, например, при разработке flash-плагина, или вы можете использовать Adobe AIR для создания приложения.
Я хочу сказать, не используйте собственный код Microsoft в своем приложении.