Звучит так, что вместо обновления старого экземпляра вы установили новый экземпляр R2 и оставили старый в рабочем состоянии; проверьте Сервисы, чтобы увидеть, есть ли несколько записей SQL Server и каковы имена экземпляров; затем убедитесь, что вы подключаетесь к R2 с SSMS.