Расчет отношения AUC в R - PullRequest
Новая
       53

Расчет отношения AUC в R

5 голосов
/ 19 октября 2011

Я создаю экологические нишевые модели для ряда видов, и я хотел бы использовать AUC в качестве показателя качества экологической ниши. Стивен Филлипс, который разработал Maxent, предоставляет код в своем руководстве Maxent для вычисления AUC в R. Однако я читаю статьи, в которых сообщается, что частичные отношения AUC являются более надежным и концептуально обоснованным показателем. Я думаю, что понимаю, как рассчитать частичный AUC с использованием пакета ROCR R, но как рассчитать коэффициент AUC?

Вот учебник от Филипса: 

presence<-read.csv("bradypus_variegatus_samplePredictions.csv")
background<-read.csv("bradypus_variegatus_backgroundPredictions.csv")
pp<-presence$Logistic.prediction
testpp<-pp[presence$Test.or.train=="test"]
trainpp<-pp[presence$Test.or.train=="train"]
bb<-background$logistic

combined<-c(testpp,bb)
label<-c(rep(1,length(testpp)),rep(0,length(bb)))
pred<-prediction(combined,label)
perf<-performance(pred,"tpr","fpr")
plot(perf,colorize=TRUE)
performance(pred,"auc")@y.values[[1]] #RETURNS AUC

AUC<-function(p,ind){
    pres<-p[ind]
    combined<-c(pres,bb)
    label<-c(rep(1,length(pres)),rep(0,length(bb)))
    predic<-prediction(combined,label)
    return(performance(predic,'auc')@y.values[[1]])
}

b1<-boot(testpp,AUC,100) #RETURNS AUC WITH STANDARD ERROR
b1

Любой совет или предложения будут с благодарностью! Спасибо.

Ответы [ 2 ]

2 голосов
/ 19 октября 2011

Не зная специфики вашего набора данных и приложения,

  • Частично AUC : площадь под только частью кривой. (обычно выбирается потому, что он более надежен или иным образом желателен, как вы сказали)
  • Коэффициент AUC : Соотношение одного AUC к другому. (обычно это какая-то ссылка)

Soo ...

  • Коэффициент частичного AUC : Соотношение одного частичного AUC к другому.
1 голос
/ 19 октября 2011

Пакет ROCR может рассчитать частичные значения AUC с помощью параметра fpr.stop=. Как Иоанн сказал, что отношение только это значение делится на тот же расчет для эталонной модели.

...