UPDATE Data A
LEFT JOIN
(
SELECT user_id,data1,data2,data3,min(id) min_id
FROM Data GROUP BY user_id,data1,data2,data3
) B
ON A.id = B.min_id
SET A.flag = IF(ISNULL(B.min_id),1,0);
Если есть повторяющиеся моменты времени, возможно попробуйте это
UPDATE Data A
LEFT JOIN
(
SELECT user_id,data1,data2,data3,,`datetime`,min(id) min_id
FROM Data GROUP BY user_id,data1,data2,data3,`datetime`
) B
ON A.id = B.min_id
SET A.flag = IF(ISNULL(B.min_id),1,0);