Я думаю, что git show основано на наборе инструментов в переменной GIT_PAGER.Я не использую Beyond Compare, но я думаю, что вы можете попробовать что-то вроде этого:
$ GIT_PAGER='bc3' git show <whatever>
Возможно, вам следует заполнить переменную GIT_PAGER некоторым дополнительным параметром, который позволяет bc3 обрабатывать ввод.
Есть более подходящие способы сохранить пейджер. Этот вопрос может дать вам больше советов о том, как это сделать.