Это не может быть MainWindow. Вам нужно изменить цвет фона в файле пера, который загружает ваш вид таблицы. Откройте MainWindow.xib в конструкторе интерфейсов и выясните, какой именно файл пера загружается MainWindow при запуске приложения.
Альтернативный способ сделать это - перейти к файлу xxxAppDelegate.m и найти следующую строку
[window addSubview:myController.view];
Узнайте, что такое nib-файл для myController, и измените его цвет фона, используя конструктор интерфейса, или перейдите в файл myController.m и в методе viewDidLoad измените цвет фона представления, как показано ниже
self.view.backgroundColor = [UIColor clearColor];