Поскольку вы хотите отслеживать его с течением времени, я бы, вероятно, разветвил существующее хранилище, а затем сделал изменения в отдельной ветке ("rewrite-for-foo"). Таким образом, когда вы снова проверяете мастер и просматриваете последние изменения и историю изменений, вы можете легко увидеть, что вам нужно применить для перезаписи. И что еще более важно, вы можете захотеть сохранить хотя бы некоторые оригинальные файлы в вашем новом дистрибутиве, такие как документация, файлы конфигурации и т. Д. Разветвляя и используя ветки, вы сможете лучше отслеживать те изменения, которые вы хотите получить от исходного дистрибутива. .