Сначала установите css по умолчанию:
<style type="text/css" src="default.css" />
, поэтому стили не-JS применимы ко всем. Затем используйте JS для динамической загрузки стилей "js-enabled":
<script type="text/javascript">
css = document.createElement('link');
css.setAttribute('rel', 'stylsheet');
css.setAttribute('type', 'text/css');
css.setAttribute('href', 'js-styles.css'); // change as needed
document.getElementsByTagName('head')[0].appendChild(css);
</script>
, который переопределит стили не-js.