Существует ASP.NET Web App, некоторые его модули реализованы с помощью потоков (C #).
Когда потоки работают, к чему это приведет, если IIS Process Recycled?
Ваш домен приложения будет выгружен, все темы остановятся. Вам придется обработать этот случай с помощью соответствующих обработчиков Application_Start и Application_End.
Application_Start
Application_End
См. Также: «Обзор жизненного цикла приложений ASP.NET»