Краткий ответ, да. Вы можете использовать Active Directory для установки значений реестра. Вы также можете использовать его для запуска сценариев, которые, например, будут копировать файл конфигурации в папку вашего приложения, или записывать INI-файл, или создавать файл App.Config.
«Окончательный» вариант - написать свои файлы ADM , которые позволят администратору AD устанавливать настройки вашего приложения с помощью обычного графического интерфейса, а не знать кучу ключей реестра. Это позволит администратору AD очень легко настроить ваше приложение - все, что вам нужно будет предоставить ему, это документация о влиянии значений.