fwrite может быть безразлично, пишете ли вы текст, js, php или простой двоичный мусор. Он просто выводит то, что вы говорите.
Проблема в том, что вы пишете в all.js
, но ссылаетесь на /inc/all.js
в теге скрипта. Если текущая рабочая директория вашего скрипта не установлена на какую-либо директорию, с которой URL /inc
отображается на вашем сервере, вы пишете в одном месте, а читаете в другом.