PyTables - это реализация Python HDF5 с некоторыми добавленными тонкостями, позволяющими вам работать над ней в духе питона и получать хорошую поддержку индексирования.Я не уверен, есть ли в Scala аналогичный пакет, но вы можете использовать то же иерархическое хранилище данных на основе HFD5, используя реализацию HDF5 в Java: HDF Java