Единственный способ, о котором я могу подумать, - это использовать Диалог поиска файлов Eclipse для всех .java файлов и использовать это регулярное выражение в качестве ввода:
"(?s:/\*\*([^\*]|\*[^/])*?###INPUT###.*?\*/)"
и замените ### INPUT ### на то, что вы ищете.
См. другой вопрос об этом регулярном выражении.