Во-первых, вам, вероятно, нужна какая-то цель для ее запуска, например:
all: $(wp)
Во-вторых, вы получите команду java -jar compiler.jar --js=../js/thermometer.js --js_output_file=../js/../js/thermometer.js
для каждого отдельного файла.Который вряд ли будет вашей целью.Я думаю, вы хотите что-то подобное:
../js/%.js: %.js
java -jar compiler.jar --js=$< --js_output_file=$@
all: $(addprefix ../js/,$(filelist))