Если вы хотите использовать Java для добавления и удаления пользователей в OpenDS, вы можете использовать JNDI или OpenDJ LDAP SDK (или любой другой API-интерфейс клиента LDAP). JNDI входит в состав JVM, и вы можете найти подробные руководства на Java.sun.com. OpenDJ LDAP SDK - это внешняя библиотека, содержащая множество примеров кода и документов на opendj.forgerock.org. Вам просто нужно указать на хранилище Maven, чтобы использовать его.
Как упоминал Аарон, Apache Directory Studio - это графический интерфейс LDAP, встроенный в Eclipse, и он очень хорошо работает с OpenDS и его продолжением: OpenDJ.