Вы можете добавить настраиваемое действие в ваш установщик (если вы его используете), который загружает machine.config, анализирует xml, затем добавляет ключи в соответствующее место, а затем снова сохраняет machine.config. Единственное, о чем следует быть осторожным, - это создать резервную копию перед загрузкой, анализом и записью нового содержимого и иметь какой-то механизм отката в случае сбоя любого из этих шагов.