Согласно документации пикселей , пиксели - это одномерный массив. Так что вам, вероятно, нужно сделать что-то вроде
int row = i;
int col = j;
int offset = row * width + col;
color p = pixels[offset];
Не уверен, как вы получаете ширину окна, но это то, что вам нужно сделать (при условии, что строки хранятся в порядке в массиве).