Просто посмотрите на источник.Они увеличили тень вверх (по вертикали) на 2%.
#features ul li:hover div {
-webkit-transform: scaleY(1.02);
}
Происхождение и переход css были установлены в более ранней декларации.
#features ul li div { /* fake blank div included at the start of each out; it holds the shadow */
width: 225px;
height: 210px;
position: absolute;
top: 0;
background-repeat: no-repeat;
-webkit-transform-origin: 0 0;
-webkit-transition: -webkit-transform .4s ease;
}