Я был в похожей ситуации. Я начал использовать FxCop в существующем проекте некоторое время назад, и у меня было довольно много ошибок при запуске. Я отключил все правила, а затем включил одну группу за раз, исправляя ошибки по ходу дела.
Группы безопасности и производительности - хорошее место для начала - они помогли мне найти проблемы, о которых я раньше не знал. Некоторые из правил носят субъективный характер и могут не в полной мере применяться к вашему проекту, если вообще применяются. Например, если интернационализация не является проблемой, оставьте эту группу отключенной. Если есть определенные правила, которые не относятся к вам, например правила именования, отключите их.
Если вам удастся стереть набор ошибок для определенного правила, вы можете настроить сборку на сбой, если эти правила будут нарушены в будущем. Поэтому новые ошибки не появятся.
Если это проект какого-то размера, просто переходите к правилу за раз, просматривайте актуальность / важность правила и исправляйте ошибки или отключайте правило, если оно не применяется.